编者按：在根治性手术后，通过基于定制的肿瘤先验（tumor-informed）ctDNA下一代测序（NGS）分析来识别分子残留病灶（MRD），可以促进结直肠癌、胰腺癌切除术后患者的个体化管理。在第20届美国临床肿瘤学会胃肠道肿瘤研讨会（ASCO GI 2023）上，有两项研究介绍了一种评估结直肠癌、胰腺癌切除术后患者MRD的新方法——brPROPHET技术（Burning Rock Patient Specific Prognostic and Potential Therapeutic Marker Tracking），一项研究由中山大学肿瘤防治中心陈功教授团队开展（Abstract 213；第一作者：Di Cao），另一项研究由天津医科大学肿瘤医院郝继辉教授团队开展（Abstract 744；第一作者：王秀超）。

 

 Patient-specific tumor-informed circulating tumor DNA(ctDNA)analysis for molecular residual disease(MRD)detection in surgical patients with stage I-IV colorectal cancer(CRC).

 第一作者：Di Cao，中山大学肿瘤防治中心

 

 

本研究前瞻性纳入117例Ⅰ~Ⅳ期手术切除的结直肠癌患者。采用一种个体化肿瘤先验技术——brPROPHET来检测分子残留病灶（MRD）。使用brPROPHET技术对50个患者特异性变异位点进行深度测序，在验证中检测MRD的检测限为0.004%，样本检测特异性大于99%。

 

在基线（n=117）、术后7天（n=117）、术后30天（n=93）采用brPROPHET对ctDNA状态进行检测。亚组分析中，将另外两种MRD检测技术——固定panel（覆盖168个基因，273kb）肿瘤先验法（fixed panel with informed calling[FI法]）和肿瘤不知情（fixed panel with agnostic calling[FA法]）与brPROPHET进行头对头比较。

 

 

用于检测的5835个变异位点中，仅有6%（344/5835）的变异位点被固定Panel覆盖；用于面板设计的3886个基因，75%的基因（2908/3886）为特定患者的私有基因（图1）。

 

共分析117例患者，其中60例（51%）患者术后接受辅助治疗。采用brPROPHET分析术前血浆样本，基线ctDNA总体阳性率为97%，Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ期肠癌患者中，ctDNA阳性率分别为88%、98%、98%和100%（图1）。

 

中位ctDNA水平在晚期肠癌患者中较高，且与肿瘤体积显著相关。术后第7天和第30天MRD状态，阳性率分别为18%（21/117）和15%(14/93)（图1）。

 

图1.采用brPROPHET各期肠癌患者的ctDNA检测情况

 

在纳入平行比较三种MRD检测方法的74例患者中，采用brPROPHET、FI法和FA法检测，术前ctDNA阳性率分别为97.3%、75.7%和68.9%，基线时15例患者仅可通过brPROPHET法检测到ctDNA（图2）。这些患者的ctDNA水平均低于可被FI和FA固定面板法检测到的水平。三种方法共检测135份术后血样，brPROPHET、FI和FA固定面板法的阳性率分别为14.8%、8.1%和6.7%。

 

图2.brPROPHET、FI法和FA法检测的ctDNA阳性率

 

2例患者复发，ctDNA检测分别比影像学手段提前1个月和2个月发现复发风险（图3）。

 

图3.2例复发患者ctDNA检测结果

 

 

这项研究报道了患者特异性brPROPHET在肠癌患者ctDNA检测中的临床性能，在检测术前和术后ctDNA方面表现出优于固定面板检测法的敏感性。该研究后续监测正在进行，其与临床结果的相关性结果有待揭晓。

 

 Patient-specific tumor-informed circulating tumor DNA(ctDNA)assay to predict cancer recurrence in patients with resected pancreatic cancer.

 第一作者：王秀超，天津医科大学肿瘤医院

 

 

本前瞻性队列研究招募可切除Ⅰ~Ⅲ胰腺癌患者。术前（基线）、术后7天（标志性）、术后30天（任何辅助治疗前）、辅助治疗期间和随访期间采集血浆样本（n=63）。对单个肿瘤和匹配的白细胞（WBCs）进行全外显子组测序，并鉴定体细胞突变。采用一种新的个体化肿瘤先验ctDNA NGS检测技术（brPROPHET）分析连续血浆样本，并对患者50个变异位点进行超深度靶向测序。brPROPHET在验证中的检测限为0.004%，样本检测特异性达到99%以上。

 

 

共有20例（Ⅰ期10例[50%]，Ⅱ期9例[45%]）患者被分析。患者随访中位时间为190天（范围：158~396）。术前ctDNA检测阳性率为100%（20/20），术后第7天和术后第30天、随访期间分析MRD状态，阳性率分别为11%（2/18）和10%（1/10）、44.4%（4/9）。在已知复发的4例患者中，2例（50%，2/4）在术后7天检测到ctDNA，而同一时间点所有无病患者此时ctDNA均为阴性（100%，13/13）。在术后7天标志性时间点检测与较短的无复发生存相关（风险比<hr/>16.87，P=0.00363）。动态监测MRD阳性与更短的DFS显著相关（图4）。标志性阴性预测值（NPV）和阳性预测值（PPV）分别为87.5%和100%。

 

表1.各时间点ctDNA检测情况

 

图4.动态监测MRD阳性与更短的DFS显著相关

 

当整合所有时间点时，100%（4/4）的复发患者在复发前ctDNA阳性，通过brPROPHET检测到复发较放射学检测到复发提前中位时间为126天，而所有ctDNA一直阴性的患者均无复发（PPV 80%，NPV 100%）。图5为入组患者的ctDNA动态监测。

 

图5.入组患者的ctDNA动态监测

 

1例男性患者，T2N0M9，IB期。其术前CA19-9升高，术后CA19-9持续正常（&lt;27 U/ml），术后ctDNA检测阳性，较放射学检查到复发提前了211天（图6）。

 

图6.1例男性患者ctDNA监测与复发情况

 

 

基于患者特异性肿瘤先验ctDNA的术后监测比临床参数CA19-9可更好地预测术后早期复发，为胰腺癌术后患者的个体化管理提供了另一种策略。